CLC Main Workbench是一个用于高级 DNA、RNA 和蛋白分析的综合性工作平台 ，凭借着独特的图形化操作介面，使得 CLC Main Workbench 的使用者不须具备特殊的电脑技能便可轻松的操作软件。CLC Main Workbench 与大多数的 alignment 软件不同，可在多条比对序列中直接标示单一序列的注解。这可以轻易地辨识 alignment 结果序列上有那些特定 domain 具有保守性。